「思い出して翅はねがあったころのことを　　1万2千年前の想いに応え繋がったのは欠けたこころ　　太陽と月と火星が出会うとき新たな合体の調べが流れる──　　湘南の海に浮かぶ小島江の島　　美しくのどかなその浜辺に〈私立江ノ島学園〉はある　　学園には全国から優秀な子どもが集められ　　最新の機器を使った英才教育が施されていた　　特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコリミヤトシは　　感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ　　謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる　　戦いのさなか不可思議なヴィジョンに導かれサッコは叫ぶ──　　「想星合体　GOアクエリオン」　　繰り返される輪廻の果てに現れた機械天翅アクエリオン　　宿命を背負った少年少女は　　得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯する中　　この宇宙の真実と向き合っていくことになる……　　これはおのれの感情と宇宙の存亡を賭けて紡がれる壮大な愛の神話